Uno degli aspetti più belli della Valle è l’acqua in sorgenti, canali e rogge, che ne arricchiscono molto le potenzialità ecosistemiche, pur essendo manufatti. Anche a uno sguardo superficiale nei fossi non possono sfuggire piante specializzate a vivere in questi ambienti, come la veronica beccabunga e quella acquatica, il crescione, la tifa, la gliceria, lo scirpo lacustre, vari poligoni. Le acque hanno caratteristiche chimiche differenti, vanno da quelle pulite di tipo sorgentizio a quelle inquinate da residui fognari drenati negli impluvi di entrambe le vallette che coronano il monastero. Cambia anche la corrente e la disponibilità di acqua nel corso dell’anno. A queste qualità vi sono piante e animali che rispondono fedelmente perché sono dei bioindicatori.